Sâu trong khu rừng Okoya linh thiêng – nơi con người nghiêm cấm đặt chân đến, có một cậu bé loài người tên là Koko được nuôi dưỡng từ nhỏ bởi Zarude, một Pokémon huyền thoại mang vẻ ngoài của khỉ đột hắc ám. Zarude đã phá vỡ luật lệ của bộ tộc, rời bỏ đàn để một mình nuôi dạy Koko, khiến cậu bé luôn tin rằng mình thực sự là một Pokémon. Cuộc sống bình yên của hai cha con bị đảo lộn khi Koko tình cờ gặp gỡ Satoshi và Pikachu, giúp cậu lần đầu tiên nhận thức được thế giới của loài người. Đúng lúc này, một tập đoàn công nghệ bất chấp thủ đoạn âm mưu tàn phá cây cổ thụ tâm linh của khu rừng để trục lợi.